1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtactttattgaatctcaaattttttatcttgatgcattttattttctagaaaattcactagtccatttttggatagaatgaatgatacccttgactcaatttgtatgcaatgtttcttactgatgtaaaatgttcataatttatggttatgaatagaaattttagcttaaggtgattaattggtacttgtgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGTCTTATGAGGAAACAGGCAATTGGGAAGCTGCAAGAGAAGCTGGAATTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G33670.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|58024368|gb|CX711109.1|CX711109
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|192315929|gb|FK007076.1|FK007076
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|58024317|gb|CX711058.1|CX711058
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|58021319|gb|CX708060.1|CX708060
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|58014341|gb|CX701083.1|CX701083
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGEST: gi|58020767|gb|CX707509.1|CX707509
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
EST: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATG GATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
genomic: TGGAAGCCGTACGTGCAGTGCAGCGCCATACTTATGATGTCATTTTGATGgtactttatt ... tgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGG
ggttatgaatagaaattttagcttaaggtgattaattggtacttgtgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGTCTTATGAGGAAACAGGCAATTGGGAAGCTGCAAGAGAAGCTGGAATTG
gattaat putative branch site (score: 3)
tgcttttc putative PPT
tgaatagaaatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactttattgaatctcaaattttttatcttgatgcattttattttctagaaaattcactagtccatttttggatagaatgaatgatacccttgactcaatttgtatgcaatgtttcttactgatgtaaaatgttcataatttatggttatgaatagaaattttagcttaaggtgattaattggtacttgtgcttttcagGATGTTTACATGCCAGTTATGAATGGTCTTCAAACAACAAAACTGATTCGGTCTTATGAGGAAACAGGCAATTGGGAAGCTGCAAGAGAAGCTGGAATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA