Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaaacttgtgcaaattctgtgtatcttaatattagcaatttggatgtatgctcataatttaatttgtatttacttgtttaaaagCTAAGCAGATGCCTCTTACTACAAGCAAGCTACGGCGATTGGTGAAGTCAAAACACCCTTATGTTGAACACAATCTTGATACTGTTGTCAGCATCATTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G24130.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G24130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv08s0056g01320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtatgaaacttgtgcaaattctgtgtatcttaatattagcaatttggatgtatgctcataatttaatttgtatttactt-----gtttaaaagCTAAGCAGATGCCTCTTACTACAAGCAAGCTACGGCGATTGGTGAAGTCAAAACACCCTTATGTTGAACACAATCTTGATACTGTTGTCAGCATCATTAG
   |    ||||||| | ||       | || || |||    ||| | |  || || |   ||||   |   || ||||      || |||||| || ||||||||| | || || |||||| |||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| | |||||||| | ||||||| |||||||| ||
--gtattgcttgtgccagttaatcaatttttcattttacttcttttgtt-catactgaacttttatgctactttcactttttaaattaaaaagCCAAACAGATGCCTGTCACAACCAGCAAGTTACGACGATTGCTGAAATCAAAGCACCCTTATGTTGAGCGCAATCTTGGTCCTGTTGTTAGCATCATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattagcaatttggatgtatgctcataatttaatttgtatttacttgtttaaaagCTAAGCAGATGCCTCTTACTACAAGCAAGCTACGGCGATTGGTGAAGTCAAAACACCCTTATGTTGAACACAATCTTGATACTGTTGTCAGCATCATTAG
                           atttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tttactt  putative PPT
                      tcataatttaatttgt  TA-rich tract