Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taattggaattttatttttgatgtaacctgatgaattagatctggaatataaattatatagcattgttgtcagctacttaaaatttactcatctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGTTGGATTCTTTGAGTGGCCTTCAGAGAAAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G31860.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208077147|gb|GD879156.1|GD879156
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208124566|gb|GD925104.1|GD925104
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208339194|gb|GE138242.1|GE138242
EST:     GCTTATATGGAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208178344|gb|GD978297.1|GD978297
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193665986|gb|FK610491.1|FK610491
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208302509|gb|GE097068.1|GE097068
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193455889|gb|FK417010.1|FK417010
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193635781|gb|FK580360.1|FK580360
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208307008|gb|GE101548.1|GE101548
EST:     TTTATTATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: -TTA-TATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193363661|gb|FK330881.1|FK330881
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208081536|gb|GD879922.1|GD879922
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193305525|gb|FK269986.1|FK269986
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208027392|gb|GD825818.1|GD825818
EST:     CCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: CCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193328307|gb|FK294328.1|FK294328
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAG                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208189809|gb|GD987769.1|GD987769
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193703030|gb|FK639252.1|FK639252
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193391981|gb|FK355662.1|FK355662
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|207834137|gb|GD808516.1|GD808516
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|207726251|gb|GD704619.1|GD704619
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193675317|gb|FK619107.1|FK619107
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193351967|gb|FK318796.1|FK318796
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGTCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTG
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGG-CTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTG
EST: gi|193431058|gb|FK398218.1|FK398218
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208202339|gb|GD994826.1|GD994826
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193676751|gb|FK617873.1|FK617873
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193450209|gb|FK414331.1|FK414331
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|207715576|gb|GD696690.1|GD696690
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208035239|gb|GD836437.1|GD836437
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193372953|gb|FK335063.1|FK335063
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193616707|gb|FK567849.1|FK567849
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193627977|gb|FK573245.1|FK573245
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCAATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|207765664|gb|GD735909.1|GD735909
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193639323|gb|FK586110.1|FK586110
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGCGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193324260|gb|FK292624.1|FK292624
EST:     CTTATATGAAGCCAAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: CTTATATGAAGCC-AAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193508573|gb|FK465436.1|FK465436
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193432198|gb|FK395662.1|FK395662
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208138033|gb|GD938501.1|GD938501
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193383926|gb|FK353123.1|FK353123
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|208249109|gb|GE046734.1|GE046734
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193348700|gb|FK317748.1|FK317748
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193320694|gb|FK286537.1|FK286537
EST:     CACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATCTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: CACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193325804|gb|FK290243.1|FK290243
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193556390|gb|FK515715.1|FK515715
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|207691336|gb|GD673274.1|GD673274
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193561210|gb|FK520247.1|FK520247
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
EST: gi|193641596|gb|FK592422.1|FK592422
EST:     GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAA                         GGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT
genomic: GCTTATATGAAGCCAAAATGTCACCAAGCAGATTCAGATATTGTGCACAAgtaggtttat ... atctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatataaattatatagcattgttgtcagctacttaaaatttactcatctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGTTGGATTCTTTGAGTGGCCTTCAGAGAAAACAG
                                          ctcatctct  CT-rich tract
     aaattatatagcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taattggaattttatttttgatgtaacctgatgaattagatctggaatataaattatatagcattgttgtcagctacttaaaatttactcatctctatagGGCTCTTGCTCAATATCCATTTCAACGTACTAAACTCCAGCAGATATGTGTTGGATTCTTTGAGTGGCCTTCAGAGAAAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - tgatgta
- - - - - - - - - - - - - cctgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctactt