Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttatggctttgtttttcctatcttcttgcttgtctatgtagtgattatatgcataatctgacacatgatgcattcattttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGGCCCAGCATCCCAAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G15960.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254319813|gb|GR829217.1|GR829217
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|21993683|gb|BQ785211.1|BQ785211
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|37994708|gb|CF806333.1|CF806333
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|193320226|gb|FK284375.1|FK284375
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|193457505|gb|FK422333.1|FK422333
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCA
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCA
EST: gi|10254053|gb|BE821819.1|BE821819
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAAT
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAAT
EST: gi|193520683|gb|FK482048.1|FK482048
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctatgtagtgattatatgcataatctgacacatgatgcattcattttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGGCCCAGCATCCCAAAGA
                       atctgac  putative branch site (score: 3)
                                        ttcattttc  putative PPT
           attatatgcataat  TA-rich tract