1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaaatgtcccataatctatgtatctttaaattactacctgaatagctgaatgtgattatgaatttatgatatttatgagatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAACCTTGGAAACCCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G04500.2 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCAATGTCCGGGAACACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTG GTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAACEST: gi|22928257|gb|BU545396.1|BU545396
genomic: TCCAATGTCCGGGAACACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTGgtaaatgtcc ... gatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAAC
EST: TCCAATGTCCGGGAACACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTG GTTGATGNNNNNATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAACEST: gi|192296657|gb|FG991225.1|FG991225
genomic: TCCAATGTCCGGGAACACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTGgtaaatgtcc ... gatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAAC
EST: TCCAATGTCCGG-A-CACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTG GT-GATGGCCT-ATCCGTCT
genomic: TCCAATGTCCGGGAACACAAACTCGAAGTTTCTGTTATGTCTCTGACCTGgtaaatgtcc ... gatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCT
ctacctgaatagctgaatgtgattatgaatttatgatatttatgagatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAACCTTGGAAACCCAG
aatgtgattatgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatgtcccataatctatgtatctttaaattactacctgaatagctgaatgtgattatgaatttatgatatttatgagatgtcttagGTTGATGGCCTTATCCGTCTCATGGAAGGATCAAACACCGGACCAATCAACCTTGGAAACCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG