Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtggtttttgaatatcgtaaccaatcaatgaatgatcaacttcactttatgttgtctgaattctctcaattttacactttgcttggatgtagGCCTTGGTGAAAGTTTATGAAGATGGTACCAAGCATTGGGCATATGGAGGTGAATTTGGGGATGTTCCCAATGACTTGAATTTCTGTTTGAATGGCCTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26700.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0067g03000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
---gtgagtg-gtttttgaatatcgtaaccaatcaatgaatgatcaacttc---actttatgttgtctgaattctctc-aattttacactttgcttggatgtagGCCTTGGTGAAAGTTTATGAAGATGGTACCAAGCATTGGGCATATGGAGGTGAATTTGGGGATGTTCCCAATGACTTGAATTTCTGTTTGAATGGCCTCA
    |||||| || | ||  | |         |   ||  ||      ||    |  | ||||     |||   |    |||||| |||||| |    ||  |||   || |||| |||  || ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||| |||||| |||||||| | |
ctcttgagtgagtgtatgtgtctttgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgttttggagatgatgtcactagaaggttaaagaattttgcactttcc----atacagGGGCTGCTGAAGGTTGGTGCAGATGGTGCTAAGCATTGGGCATATGGAGGTGACTTTGGGGATATCCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTGAATGGCATTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacttcactttatgttgtctgaattctctcaattttacactttgcttggatgtagGCCTTGGTGAAAGTTTATGAAGATGGTACCAAGCATTGGGCATATGGAGGTGAATTTGGGGATGTTCCCAATGACTTGAATTTCTGTTTGAATGGCCTCA
                                       ctttgctt  CT-rich tract
                            tcaatttta  TA-rich tract