1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...atattcattcctgaaatttcccaaccttttgtttatgtgcattgcatttttcaaacttttatatataatacaaatgcactaaagatattttggtggttagGACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCCTTGCGACGTCCTTCTGGTGGATCCCCAACTTACAGTGCTGGAAGCCAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G20240.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAATGACAATGAAGAGACTGTTAGATATCGATTTGGTTCCGTTGGTCAG GACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCCEST: gi|51337326|gb|CO981192.1|CO981192
genomic: CAAATGACAATGAAGAGACTGTTAGATATCGATTTGGTTCCGTTGGTCAGgtactcagac ... tggtggttagGACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCC
EST: CAAATGACAATGAAGAGACTGTTAGATATCGATTTGGTTCCGTTGGTCAG GACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCC
genomic: CAAATGACAATGAAGAGACTGTTAGATATCGATTTGGTTCCGTTGGTCAGgtactcagac ... tggtggttagGACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCC
atttttcaaacttttatatataatacaaatgcactaaagatattttggtggttagGACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCCTTGCGACGTCCTTCTGGTGGATCCCCAACTTACAGTGCTGGAAGCCAGT
cactaaa putative branch site (score: 2)
ttttatatataataca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atattcattcctgaaatttcccaaccttttgtttatgtgcattgcatttttcaaacttttatatataatacaaatgcactaaagatattttggtggttagGACACACAATTGCTTCTATGGGACCTGGAAATGGATGAGATTGTGGTACCCTTGCGACGTCCTTCTGGTGGATCCCCAACTTACAGTGCTGGAAGCCAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - -cattcct
- - - - - - - - - - ccaacct
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgcac