Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G37770.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G162881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG----------------------------------------------
                               |  |  | | ||    |   ||| |  |     || |||       |||  ||  |     |    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||                                              
------------------------------gtggagtggtatctcctact-gttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAGGTATAATCATCATCCATATTACTCTGATGTATTGCATTTTACGTGG

upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT1G67850.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
|||   || |  || | |  |  |   |  || |       ||| | |     | |||||      |||  | | |   |  ||     |         |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||
gttccttgct--tcatcatctgtttcattcttcattcatcttccctaactctctcttcttgcctgccttacttatacgct--ttaccttaaactgttaacagAATGATTTGGTACACGGTTGGGGTCTTGACTTTGCACTCAGAAGATGTGTTGAG

upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT1G24570.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
||| ||  |||  | | |    ||| | | |     | || | | | ||||  | | |||   |||| |     |||| |   || ||||      |  |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||
gtt-acactta--ctttattatctattggctccttcatatcttcat-ataatgtctccttcttgcacct-----aattgtatatgaaccaa-----aaacagAATGATTTGGTTCACGGTTGGGGTCTTGACTTTGCACTGAGAAGATGTGTTGAG

upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv01s0137g00770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
   |  | |  ||||| || |    | | |  |||    |    |     |||||  || | |  |    ||  || |    ||   |     ||  ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||
---gtatatatatcctcaaatttagaat-tagtaagttctcagttgctccagttgacctgttactatcaagtttaagtgccttt---ctgtgggaattgcagAATGACCTGGTACATGGTTGGGGTCTTGACTTTGCTCTCAGAAGATGTGTAGAG

upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv00s0187g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
   |  | |  ||||| || |    | | |  |||    |    |     | |||  || | |  |    ||  || | |  ||   |     ||  ||||||||||| |||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||
---gtatatctatcctcaaatttagaat-tagtaagttctcagttgctccaattgacctgttactatcaagtttaagtgtcttt---ctgtgggaattgcagAATGACCTGGCACATGGTTGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAGATGTGTAGAG

upper sequence: GLYMA11G37770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0106g00570.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gttgactgttaatcctaaagtcctaattgttttaaaagatgtccttgataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
   |  | |  ||||| || |    | | |  |||    |    |     |||||  || | |  |    ||  || |    ||   | |   ||  | ||||||||| |||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||
---gtatatatatcctcaaatttagaat-tagtaagttctcagttgctccagttgacctgttactatcaagtttaagtgccttt---ctatgggaattacagAATGACCTGGTACATGGTTGGGGTCTTAACTTTGCTCTTAGAAGATGTGTAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58024808|gb|CX711549.1|CX711549
EST:     CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
EST: gi|51337681|gb|CO981547.1|CO981547
EST:     CTCCAGTGTTCTCGC-AGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
EST: gi|57574426|gb|CX547401.1|CX547401
EST:     CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
EST: gi|16996411|gb|BM085783.1|BM085783
EST:     CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
EST: gi|192315451|gb|FK009225.1|FK009225
EST:     CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGGCTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGTTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
EST: gi|57574192|gb|CX547167.1|CX547167
EST:     CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT
genomic: CTCCAGTGTTCTCGCGAGATGCATGGCGCTGTGTGTGGCATATGATTCAGgttgactgtt ... tgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataagttgttctttaagcacttggtaaaattatgattgtaccacttgacatgcagAATGACTTGGTCCATGGGTGGGGTCTTGATTTTGCTCTTAGAAAATGTGTTGAG
                                          acttgac  putative branch site (score: 4)
                        taaaattatgattgta  TA-rich tract