Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagagaaaccacaatgatagttctatccagtatacgtatgtgcaaatccattatgaaattgttctcttctatgatctgaggccggatttccatttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATGACAAACTGAGAGTTCGCTATTTCAAAGGATATCTTGCGTCAGTTGCTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G16220.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G16220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv00s0220g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
---cagagaaaccacaatgatagttctatccagtatacgtatgtgcaaatccattatgaaattgttc--tcttctatgatctgaggccggatttccatttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATGACAAACTGAGAGTTCGCTATTTCAAAGGATATCTTGCGTCAGTTGCTCA
   |||  |   | |   |||||   |     ||||    || |     | || ||| |  |  |||  |||| | ||| |  |      || | |  |    ||| ||||||||||| || || || |  |  ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||| ||||| ||||| |||||||| ||
tatcagctactactctgggatagaagttgtgggtat---catataaccgtacaatattagctctttcaatcttttctgaaccaaaatt--atctgctgtgtatagGAATGGATGATGAGGACAACGACACTTCCCCACTCCATGAGATGCTTGATGACAAACTGAGAGTTTTTTACTTCAAGGGATACCTTGCCTCAGTTGCGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208144885|gb|GD940788.1|GD940788
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|254323235|gb|GR840040.1|GR840040
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|207811707|gb|GD785952.1|GD785952
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|208058216|gb|GD860235.1|GD860235
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGAATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGAT
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATG-ATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGAT
EST: gi|208078502|gb|GD878806.1|GD878806
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|16343782|gb|BI969377.1|BI969377
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|207713670|gb|GD695345.1|GD695345
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|208143435|gb|GD942453.1|GD942453
EST:     TTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: TTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|13478588|gb|BG508004.1|BG508004
EST:     CCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|207732738|gb|GD704817.1|GD704817
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|58019646|gb|CX706388.1|CX706388
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|193378252|gb|FK345013.1|FK345013
EST:     CAATTATGTATCAC-AAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|208186897|gb|GD987139.1|GD987139
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|26269516|gb|CA820579.1|CA820579
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|7591313|gb|AW707049.1|AW707049
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|207746658|gb|GD719209.1|GD719209
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|208206105|gb|GE007468.1|GE007468
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|208305975|gb|GE105734.1|GE105734
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|207844575|gb|GD813962.1|GD813962
EST:     AATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: AATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGT-CACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|20448999|gb|BQ253123.1|BQ253123
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
EST: gi|58022640|gb|CX709381.1|CX709381
EST:     CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATG                         GTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG
genomic: CAATTATGTATCACAAAAATATGCTACTCCGATATTTGTCACAGAGAATGgtacgtaact ... catttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atccattatgaaattgttctcttctatgatctgaggccggatttccatttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATGACAAACTGAGAGTTCGCTATTTCAAAGGATATCTTGCGTCAGTTGCTCA
                                         tttccattt  CT-rich tract
     ttatgaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cagagaaaccacaatgatagttctatccagtatacgtatgtgcaaatccattatgaaattgttctcttctatgatctgaggccggatttccatttggcagGTATGGATGATGAAGATAATGATAACTTGCCGTTACATGAGATGCTAGATGACAAACTGAGAGTTCGCTATTTCAAAGGATATCTTGCGTCAGTTGCTCA

- - - aaccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaggc