1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtctgtcctctctctcacacacacatatgctcacatacacataaatttttacatatacatgacttacacataattttgaactattctgttctgctgcgtgtcttatttaagctgttttacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCTAAACCAGTCTTTGCCAGGATTGAAAACCAAACTGAAGTGGAAGACAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G43550.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGG AGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCTEST: gi|16343597|gb|BI969199.1|BI969199
genomic: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGGgtctgtcctc ... tacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCT
EST: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGG AGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCTEST: gi|193558101|gb|FK513310.1|FK513310
genomic: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGGgtctgtcctc ... tacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCT
EST: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGG AGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCT
genomic: TATATGCCCAACTTGGCTATTCCAGGGACCAATTTGATGCAGCAACCTGGgtctgtcctc ... tacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCT
attttgaactattctgttctgctgcgtgtcttatttaagctgttttacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCTAAACCAGTCTTTGCCAGGATTGAAAACCAAACTGAAGTGGAAGACAAAG
ctgtttt CT-rich tract
tcttatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctgtcctctctctcacacacacatatgctcacatacacataaatttttacatatacatgacttacacataattttgaactattctgttctgctgcgtgtcttatttaagctgttttacattgtagAGAGACACCGAGTGGGGTGGGCTTAAGGGTGGCCAAGTCATGGCTCAACCTAAACCAGTCTTTGCCAGGATTGAAAACCAAACTGAAGTGGAAGACAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA