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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgtactttctctattgattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaatagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatgataaaaaatgctttgctaatttgaagtcaaactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G42960.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
gtatgttgt--actttctctatt--gattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaa-----tagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatga-taaaaaatgctttg--------ctaatttgaagtca--aactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA
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gtatgatactgattttcttttctctggttgcttatgtaaattgtttagtccgtcaatctcacaaaatgtgaacaacttggatatgtagtgcttcagttagtgttatagagttaaggttatttttaatgaaatctccttttgagtaaccattttgaggtattatggtatcagGATGATGACATAGTCAACATTTGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGGGCTAGATGTTCTCTCAAATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACAATGA

upper sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv18s0001g00910.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
gtatgttgtactttctctattgattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaatagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatgataaaaaatgctttgctaatttgaagtcaaactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA
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-----------------------------aacctaatagtagtgttttttttcttctcct--tttaaaaacctg-----aggttt-----------atatatttaatttttctggttaactgtattggggacttatt----ccatttacagGATGATGAAGCTGTCAATATTTGGAACTTGAGAAAATGCAGTGCAGCAGGTCTTGATATCCTTTCAGATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACATTGA

upper sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S41_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
gtatgttgtactttctctattgattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaatagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatgataaaaaatgctttgctaattt--gaagtcaaactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCA---ACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA
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-------------------------------------------------tttagtgaaag-acttaa---agtttcagttactgtgaaatcagtgctcaggagagtttgctatgctggttctcacatctctactttgtgattcttttctacagGACGATGATGATATAATAAATTCCTGGAACTTGCGAAAATGTAGTGCAGCTGGACTTGATATTTTATCAACTGTATTTGGAGATGAGATTCTTCCAGTTC---


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgataaaaaatgctttgctaatttgaagtcaaactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA
                tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                  ctttatttttcctatt  putative PPT
                               aaactttatttttcct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatgttgtactttctctattgattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaatagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatgataaaaaatgctttgctaatttgaagtcaaactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA

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