Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttacttcatgtttctgaacacattttgaagctgtcaggtgaatgtctaactggttgctttgctgtagGTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAAATGAGCTAACCCAGCGTATAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G29090.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193544649|gb|FK501658.1|FK501658
EST:     ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGG                         GTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA
genomic: ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGGgtatgttact ... tttgctgtagGTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA
EST: gi|9986266|gb|BE660374.1|BE660374
EST:     ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGG                         GTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA
genomic: ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGGgtatgttact ... tttgctgtagGTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA
EST: gi|9986267|gb|BE660375.1|BE660375
EST:     ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGG                         GTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA
genomic: ACCTATTTCGGTCAGTCGGGTCACATGGAGCCCTGATGGAAGTTTTGTGGgtatgttact ... tttgctgtagGTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgaacacattttgaagctgtcaggtgaatgtctaactggttgctttgctgtagGTATTGCTTTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCTTGCACTGGATCAAATGAGCTAACCCAGCGTATAGAG
                               gtctaac  putative branch site (score: 2)
                                         ttgcttt  putative PPT
         attttgaa  TA-rich tract