Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgattattgcgagtttgatgttttgttaatatagagttcacaatatgtactaaagtgactctggcttttcttctctcttttttctagtcttgatttgtgttgccaacatttttatgcattctcatcataaaattctgttattttttttttaaaagctaatttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTGGATAGTCAACCTGATGTCTCTAATCAAGTCCATCACAATATCTAGATCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41070.3
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G41070.3 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv08s0058g01360.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
gtatgattattgcgagtttgatgttttgttaatatagagttcacaatatgtactaaagtgactctggcttttcttctctcttttttctagtcttgatttgtgttgccaacattttta--tgcattctcatcataaaattc-tgttattttttttttaaaagctaatttatg----tgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTGGATAGTCAACCTGATGTCTCTAATCAAGTCCATCACA---ATATCTAGATCT
                                                                                |   |      || ||||  ||| |        | ||  |||  | |    |||  ||   | | ||| | ||  | | | ||   || ||    |||||||||| |||||||| |||||  |  |||| ||||| || |||||||||||||||| ||||   ||  |  | ||||| || |  ||     | || ||||   
--------------------------------------------------------------------------------tgcatggatacctagattaatgtggtacgtgcctgtaattgctatatggaaataggatcaatatgattgtgttaatgacaacttccttttgctgttgcagAGATACATGGATTCTGAGATTAGGGCAATCATGGCACAGTACATGCCTTTGGATAATCAAGGAGAGATTCCAAATCATGTTCCCCATGGGGACATTTAGA---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20812568|gb|BQ297046.1|BQ297046
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAG                         AGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
EST: gi|6724792|gb|AW309191.1|AW309191
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAC                         AGATATATGGATTCGGAGATCCGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
EST: gi|51341493|gb|CO982810.1|CO982810
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAG                         AGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
EST: gi|254344698|gb|GR851288.1|GR851288
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAG                         AGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
EST: gi|254344697|gb|GR851287.1|GR851287
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAG                         AGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
EST: gi|10255066|gb|BE822832.1|BE822832
EST:     TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAG                         AGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG
genomic: TGGTTGTTGCTGTTGCTGGAGGATATGCATTTTACAAGTACAGAATCCAGgtatgattat ... ttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcattctcatcataaaattctgttattttttttttaaaagctaatttatgtgcagAGATATATGGATTCGGAGATACGTACAATTATGGCCCAATACATGCCTTTGGATAGTCAACCTGATGTCTCTAATCAAGTCCATCACAATATCTAGATCT
                                      agctaat  putative branch site (score: 3)
           ataaaattctgttatt  TA-rich tract