Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgttaatgagtgtcatgctaacactcatctgttccaccaaatatttacctggaaacaagctaatactagttttgtgttcatgcattttatgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAAAGTGATTTGGATGACAAAGAGAATGGCCTGCCAGCCAAGCCTATTCAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G38990.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213603176|gb|DB981030.1|DB981030
EST:     TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATG                         CCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
genomic: TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATGgtatgctatt ... tgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
EST: gi|19934738|gb|BQ079768.1|BQ079768
EST:     TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATG                         CCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGCTCCACCAAACCAA
genomic: TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATGgtatgctatt ... tgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
EST: gi|58017921|gb|CX704663.1|CX704663
EST:     TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATG                         CCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
genomic: TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATGgtatgctatt ... tgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
EST: gi|120529727|gb|EH257861.1|EH257861
EST:     TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATG                         CCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
genomic: TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATGgtatgctatt ... tgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
EST: gi|19347415|gb|BM892295.1|BM892295
EST:     TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATG                         CCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA
genomic: TGGAAGACTGGCCTGTTATGCCCGTGGAACGCATTGGTTTCATGCTTATGgtatgctatt ... tgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacctggaaacaagctaatactagttttgtgttcatgcattttatgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAAAGTGATTTGGATGACAAAGAGAATGGCCTGCCAGCCAAGCCTATTCAGA
             agctaat  putative branch site (score: 3)
                                       attttatgatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgttaatgagtgtcatgctaacactcatctgttccaccaaatatttacctggaaacaagctaatactagttttgtgttcatgcattttatgatatgcagCCGCATGGGTTTTTCAATTGCTCGCCTGCTGTTGATGTTCCACCAAACCAAAGTGATTTGGATGACAAAGAGAATGGCCTGCCAGCCAAGCCTATTCAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - atgagtg
- - - - - - -tcatgct
- - - - - - - - - - - cactcat
- - - - - - - - - - - - - - - - ttccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca