Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttctctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAATATGAAGATTTGATGTCTGCTGGGATCATTGATCCAACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G18760.3
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G18760.3 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv06s0004g00240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttctctacga--gcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAATATGAAGATTTGATGTCTGCTGGGATCATTGATCCAACAAAG
|||| |    | ||| |        |   |  | ||| |   |    ||   |||| |||    |   | | | |  | ||||  | |||||||||||||||| |||||| |  |||||||| || || |||||||||||| | ||| ||||||| || ||||| || || |||
gtataatcaatgagtttccaggaggtccatgatctctgtttcatgatgtatatgtgttgaccaaatgggagct-ttttcagGTGCTCTCCAGTGACAATCCAAAATATGGGTTCAATGCTGCAACAGGAAAATATGAAGATCTAATGGCTGCTGGAATAATTGACCCTACTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16278312|gb|BI942837.1|BI942837
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|14516384|gb|BI095056.1|BI095056
EST:     TGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: TGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|16344875|gb|BI970470.1|BI970470
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|209702280|gb|BW677975.1|BW677975
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|6455205|gb|AW185888.1|AW185888
EST:     GTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: GTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|7685797|gb|AW756445.1|AW756445
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|16278884|gb|BI943144.1|BI943144
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|254328223|gb|GR835188.1|GR835188
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|207761079|gb|GD733254.1|GD733254
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|6718933|gb|AW306580.1|AW306580
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|6915381|gb|AW396911.1|AW396911
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|16282149|gb|BI944863.1|BI944863
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|16282846|gb|BI945236.1|BI945236
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGGATATA-TGCTGCCACTGGTAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGG-ATATAATGCTGCCACTGGTAA
EST: gi|16281476|gb|BI944507.1|BI944507
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|7639932|gb|AW734243.1|AW734243
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|209698543|gb|BW652409.1|BW652409
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|208072209|gb|GD870225.1|GD870225
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|208046514|gb|GD849098.1|GD849098
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTG
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTG
EST: gi|151401056|gb|EV270870.1|EV270870
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|8402244|gb|BE057878.1|BE057878
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|27427470|gb|CA938990.1|CA938990
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|20449400|gb|BQ253524.1|BQ253524
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|120534219|gb|EH262352.1|EH262352
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|208144499|gb|GD941662.1|GD941662
EST:     AATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|6227700|gb|AW156299.1|AW156299
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|254322415|gb|GR837829.1|GR837829
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|151412595|gb|EV282407.1|EV282407
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTAGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
EST: gi|46492945|gb|CN472501.1|CN472501
EST:     AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAG                         GTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA
genomic: AATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggt ... ttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttctcttttctctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAATATGAAGATTTGATGTCTGCTGGGATCATTGATCCAACAAAG
                                             ttgtaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttctctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattagGTATTGTCCAGTGACAATCCAAGATATGGATATAATGCTGCCACTGGTAAATATGAAGATTTGATGTCTGCTGGGATCATTGATCCAACAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA