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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttactcagtggtgttattaatatttgtgccatatgttgatcggttgacaataccatatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
-----------gtgagtttactcagtggtgt------tattaatatttgtg-ccatatgttgatcggttgacaatac-----catattta--aaactttttg---------acagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG
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gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193443835|gb|FK408839.1|FK408839
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|193529148|gb|FK484339.1|FK484339
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193352024|gb|FK318811.1|FK318811
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208262795|gb|GE061963.1|GE061963
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208207248|gb|GE007113.1|GE007113
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193673555|gb|FK617780.1|FK617780
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193376982|gb|FK340617.1|FK340617
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|193444825|gb|FK407589.1|FK407589
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EST: gi|193619263|gb|FK571691.1|FK571691
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EST: gi|193472513|gb|FK434898.1|FK434898
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EST: gi|7589233|gb|AW705011.1|AW705011
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EST: gi|193344044|gb|FK311958.1|FK311958
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EST: gi|207823943|gb|GD795402.1|GD795402
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EST: gi|208144426|gb|GD942177.1|GD942177
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EST: gi|208323909|gb|GE120086.1|GE120086
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EST: gi|208301254|gb|GE097407.1|GE097407
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTGCTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|207762565|gb|GD731676.1|GD731676
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAGC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208335548|gb|GE138001.1|GE138001
EST:     GATATGAACCAGTCAGCGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|207716888|gb|GD698586.1|GD698586
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193541758|gb|FK497116.1|FK497116
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193396934|gb|FK364046.1|FK364046
EST:     ACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGT
genomic: ACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGT
EST: gi|193323541|gb|FK289175.1|FK289175
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193682554|gb|FK623344.1|FK623344
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genomic: ACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|7233927|gb|AW569269.1|AW569269
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTGTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193662887|gb|FK604879.1|FK604879
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208286207|gb|GE086433.1|GE086433
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193302186|gb|FK267357.1|FK267357
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|193581111|gb|FK535450.1|FK535450
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|193571994|gb|FK529151.1|FK529151
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EST: gi|193519512|gb|FK473597.1|FK473597
EST:     CCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: CCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193676805|gb|FK617437.1|FK617437
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|193441885|gb|FK408228.1|FK408228
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genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193434454|gb|FK401474.1|FK401474
EST:     TATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTAATAATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAA
genomic: TATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTA-TA-TCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAA
EST: gi|193696194|gb|FK637102.1|FK637102
EST:     TCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: TCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208045337|gb|GD841131.1|GD841131
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|207846739|gb|GD818622.1|GD818622
EST:     GGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTAGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAA
genomic: GGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTT-GAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAA
EST: gi|208147139|gb|GD950126.1|GD950126
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208153133|gb|GD945296.1|GD945296
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|208299995|gb|GE098108.1|GE098108
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|207770351|gb|GD742357.1|GD742357
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|208154590|gb|GD956707.1|GD956707
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|208233667|gb|GE030918.1|GE030918
EST:     CCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: CCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|193362897|gb|FK327471.1|FK327471
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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EST: gi|208204941|gb|GE002818.1|GE002818
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208213569|gb|GE013622.1|GE013622
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
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genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208035271|gb|GD834677.1|GD834677
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|208256548|gb|GE054045.1|GE054045
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
EST: gi|207756822|gb|GD729122.1|GD729122
EST:     GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttgtgccatatgttgatcggttgacaataccatatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG
                     ggttgac  putative branch site (score: 4)
                                            cttttt  putative PPT
                            aataccatatttaaaa  TA-rich tract