1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...ttgataaatgtctgcttttgtgtctaagtggtttaattttctgtttatttctctgctcatctaaattattcttctactgatatttgctcgagttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATGGATGAATTCACCTCCCGTATTGAAGAGCTGAATTCAAAGTTCGCTATCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G07610.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAA GGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATGEST: gi|51337881|gb|CO981747.1|CO981747
genomic: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAAgtaagatata ... agttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATG
EST: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAA GGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATGEST: gi|7924989|gb|AW831015.1|AW831015
genomic: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAAgtaagatata ... agttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATG
EST: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAA GGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATG
genomic: GAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAATCCCCTGCACCAATTGCTAACCAAgtaagatata ... agttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATG
tatttctctgctcatctaaattattcttctactgatatttgctcgagttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATGGATGAATTCACCTCCCGTATTGAAGAGCTGAATTCAAAGTTCGCTATCA
tactgat putative branch site (score: 2)
atctaaattattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgataaatgtctgcttttgtgtctaagtggtttaattttctgtttatttctctgctcatctaaattattcttctactgatatttgctcgagttgtccagGGAGTCATCACTCAACTTTCTGATCAAATTTCAACATTAAATGAAAGAATGGATGAATTCACCTCCCGTATTGAAGAGCTGAATTCAAAGTTCGCTATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - tgtctgc
- - - - - - - -ttttgtg
- - - - - - - - - - - -ctaagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctactg