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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgcacctctattagaaagttagcatgctgatcaaatatatcttttgaactttggctaatattcaagtgattgtatgtttatgcttgctatctcttcagTTACCTCACAGAGAGAAAGATACTAGATGGAATATCATTTGTTGTGCCAGCTGGTAAAAGTGTTGCAATTGTTGGGACTAGTGGAAGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G40490.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G40490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv06s0004g08350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
tttgcacctctattagaaagttagcatgctgat-caaatatatcttttgaactttggctaatattcaagtgattgtatgtttatgcttgctatctcttcagTTACCTCACAGAGAGAAAGATACTAGATGGAATATCATTTGTTGTGCCAGCTGGTAAAAGTGTTGCAATTGTTGGGACTAGTGGAAGTG
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-ttgtacatttttattgttgtaactgtgttattgttagcatactattttaaaggctgttcctgattaattgctgattcactttcttgatttactgttatagCTACCTGACAGAGAGAAAAATTCTTGATGGAATATCTTTTGTTGTACCAGCTGGAAAAAGTGTGGCTATTGTTGGAACCAGTGGCAGTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaactttggctaatattcaagtgattgtatgtttatgcttgctatctcttcagTTACCTCACAGAGAGAAAGATACTAGATGGAATATCATTTGTTGTGCCAGCTGGTAAAAGTGTTGCAATTGTTGGGACTAGTGGAAGTG
         ggctaat  putative branch site (score: 3)
                                       cttgctatctcttc  putative PPT
            taatattcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tttgcacctctattagaaagttagcatgctgatcaaatatatcttttgaactttggctaatattcaagtgattgtatgtttatgcttgctatctcttcagTTACCTCACAGAGAGAAAGATACTAGATGGAATATCATTTGTTGTGCCAGCTGGTAAAAGTGTTGCAATTGTTGGGACTAGTGGAAGTG

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- tgcacct
- - - - - - - - - - - -gcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt
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