1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tacaaaaatggttgtgaccttgccagtgttgcatgatagtgatacaatatctgatagtatatgatttcataatgggacttttgttatctgttgaatgcagTTCCTCAGGAAAATGGCCCAGCCATATGATAAAACTGGTGGCACTGGCAGGAAAACTTTGTTGTCCCAGGAAGACTTGGAGAAGATGGCTGTCAGCGGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G09080.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCCCACCTGAACTTGAGCACAGACATGGCTTTGCATGTAGCACGTGAT TTCCTCAGGAAAATGGCCCAGCCATATGATAAAACTGGTGGCACTGGCAGG
genomic: ACGCCCACCTGAACTTGAGCACAGACATGGCTTTGCATGTAGCACGTGATgtatgtcctt ... ttgaatgcagTTCCTCAGGAAAATGGCCCAGCCATATGATAAAACTGGTGGCACTGGCAGG
aatatctgatagtatatgatttcataatgggacttttgttatctgttgaatgcagTTCCTCAGGAAAATGGCCCAGCCATATGATAAAACTGGTGGCACTGGCAGGAAAACTTTGTTGTCCCAGGAAGACTTGGAGAAGATGGCTGTCAGCGGCA
atctgat putative branch site (score: 4)
tatatgatttcataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacaaaaatggttgtgaccttgccagtgttgcatgatagtgatacaatatctgatagtatatgatttcataatgggacttttgttatctgttgaatgcagTTCCTCAGGAAAATGGCCCAGCCATATGATAAAACTGGTGGCACTGGCAGGAAAACTTTGTTGTCCCAGGAAGACTTGGAGAAGATGGCTGTCAGCGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
-acaaaaa
- - - - -ggttgtg
- - - - - - - - -ccttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - gcatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatag