Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accgttaagattttgaaataattctattatatgttgaatcagaatttatcttcattatctcctggaaaactagtttcatgttattgttttttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G07910.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G07910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g59020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
-------------------------------------------------------------------------accgtt-aagattttgaaataattctattatatgttgaatcagaatttatcttcattatct-------cctggaaaactagtttcatgt-tattgttttttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG
                                                                         ||  ||   |||    |  || |  | || | | ||   |     ||||    |   |  |          |  || ||  | |||||| | || |||| |||  |||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||
gtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTTGACCAG

upper sequence: GLYMA02G07910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT3G03960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
------------------------------------------------accgttaagattttgaaataattctattatatgttgaatcagaatttatcttcattatctcctgg--aaaactagt-ttcatgttatt-------------gttt---tttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG
                                                 |  |      || | | |  ||||   | || |  || | | | |    ||   |  ||  |    || | ||   ||||  ||| |             | ||   | ||| | |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
gtaagtttcagactgtctttttgccatcaaatatttctatcagacgtctctatacttgcttagcagttgttcttgaacatataaaaactggagtagaattttctgactggttacaaagattaccattcactttaattgataactaagacgcttaagtctctgtgcagGTTATTTGCCCTTAAATATGCTTCAGATGCTGCATGCACTGTACTTCGTGTAGACCAG

upper sequence: GLYMA02G07910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv08s0007g07460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
--accgttaagattt-tgaaataattctattatatgttgaatcagaatttatcttcatt-atctcctggaaaactagtttcatgttattgttttttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG
    |  || ||| | | | ||   || | ||  | ||      ||  || |  | |||     |     | ||| | ||||   | |  |   || | | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
gattccctaggatctattatatggatc-agtaggtttt---ctggagcttgtaataattcgaggcacattatactggattcaaagtttcttgggttttgtacagGTATTTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCCTGTACTGTACTACGAGTGGACCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207798100|gb|GD768594.1|GD768594
EST:     ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|151397877|gb|EV267750.1|EV267750
EST:     ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|209718246|gb|BW657851.1|BW657851
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|192322913|gb|FK014844.1|FK014844
EST:     ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|208169376|gb|GD970949.1|GD970949
EST:     TCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: TCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|254342219|gb|GR853356.1|GR853356
EST:     ATATGTAAGGATGTTTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTTTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|209700024|gb|BW656205.1|BW656205
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|193565080|gb|FK517983.1|FK517983
EST:     ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCT
EST: gi|22522283|gb|BU081094.1|BU081094
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|209721610|gb|BW671737.1|BW671737
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|214004268|gb|DB984742.1|DB984742
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|209728114|gb|BW655349.1|BW655349
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|298187661|gb|HO034810.1|HO034810
EST:     ATATGCAAGGATGTCTCAACCCTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
EST: gi|254342218|gb|GR853355.1|GR853355
EST:     ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAA                         GTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT
genomic: ATATGTAAGGATGTCTCAACCTTGAGCATTTGGGATCTCCATGTGACTAAgtaagctatg ... ttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatcttcattatctcctggaaaactagtttcatgttattgttttttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG
                                   ttattgttttttcttt  CT-rich tract
                                   ttattgttttttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
accgttaagattttgaaataattctattatatgttgaatcagaatttatcttcattatctcctggaaaactagtttcatgttattgttttttcttttcagGTTATTTGCTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - -tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt