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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaattattgttgagaactcatgctgagcaggaaatctggtttttttattttatttcttacttggtaaccgtcgtcattggttcttccagGTTAGTTATTCTTTAACTCACCTTGCAAAATCACATCTAAACAAGATTCGGACGGAAGTTGCTCCACATGAAGTTCCAAAAATGTTCCAAACAGCAGAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39430.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208092368|gb|GD891071.1|GD891071
EST:     GCCGACTTCTTTGTGATACATACTTGTGTTCCCGTGACCTATTAAAGGAG                         GTTAGTTATTCTTTAACTCACCTTGCAAAATCACATCTAAACAAGATTCGG
genomic: GCCGACTTCTTTGTGATACATACTTGTGTTCCCGTGACCTATTAAAGGAGgtaaaattat ... gttcttccagGTTAGTTATTCTTTAACTCACCTTGCAAAATCACATCTAAACAAGATTCGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctggtttttttattttatttcttacttggtaaccgtcgtcattggttcttccagGTTAGTTATTCTTTAACTCACCTTGCAAAATCACATCTAAACAAGATTCGGACGGAAGTTGCTCCACATGAAGTTCCAAAAATGTTCCAAACAGCAGAAT
                           tggtaac  putative branch site (score: 2)
                                              ttcttcc  putative PPT
     tttttttattttattt  TA-rich tract