Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacattatatctttggctttgttctagcttctctgtaaaagtttaatggaattaatcaattatgttttggcagtctgcatatgttctatgtttccttcaattgttcaatgattattcagaatttcttcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGTTGGGGGACAAGTCAACGTCTTGTCATTGTCCTAATGTCCTTGGGTTGTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38320.3
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193536824|gb|FK492290.1|FK492290
EST:     GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGG                         GTAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATG
genomic: GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGGgtaacattat ... tcaattgcagG-AGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATG
EST: gi|8827845|gb|BE211575.1|BE211575
EST:     GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGG                         GAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAANTCCTCCTTTATGACACGACA
genomic: GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGGgtaacattat ... tcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACA
EST: gi|193631370|gb|FK584629.1|FK584629
EST:     GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGG                         GAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGT
genomic: GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGGgtaacattat ... tcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGT
EST: gi|7286279|gb|AW598766.1|AW598766
EST:     GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGG                         GAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGT
genomic: GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGGgtaacattat ... tcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGT
EST: gi|193694665|gb|FK628633.1|FK628633
EST:     GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGG                         GAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTA
genomic: GCCGTCCGGTGGATTCAACTTTAATTAGAAGATATTCATGCTCTACTGGGgtaacattat ... tcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttctatgtttccttcaattgttcaatgattattcagaatttcttcaattgcagGAGTTTTGGTTGGTCTATCTGTGAAGTCCTCCTTTATGACACGACAGCAGTTGGGGGACAAGTCAACGTCTTGTCATTGTCCTAATGTCCTTGGGTTGTA
                                        tttcttc  CT-rich tract
                             attattcagaattt  TA-rich tract