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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggatacagttggtatgggattattgtttagattttgatagtgggtgggctgttctgagttgatcatgtattatggtcataaaaaggtaccgttttgtagGTATATTTTGGATTATCAGATTGCTACTCCACTCACGCTTTCTTTGCTAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G23240.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggctgttctgagttgatcatgtattatggtcataaaaaggtaccgttttgtagGTATATTTTGGATTATCAGATTGCTACTCCACTCACGCTTTCTTTGCTAGAG
            agttgat  putative branch site (score: 5)
                                            ccgtttt  putative PPT
                    atgtattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gggatacagttggtatgggattattgtttagattttgatagtgggtgggctgttctgagttgatcatgtattatggtcataaaaaggtaccgttttgtagGTATATTTTGGATTATCAGATTGCTACTCCACTCACGCTTTCTTTGCTAGAG

- - - - gttggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaa