Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggaatctaatacatcataatcagtgctttatatatgatgatattttgcattttatatgctcttcacttcttatatgaatcatgcacacatcaaactaccagGTGGAGCATTGATGTTGGCTGGATAAGTACATGGGTAAAAGTTATCAATGAGTGGTTTGCAGCAACAATTTATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G19930.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G19930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os04g42720.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
----------------------------------------------------------------------gtaaggaatctaatacatcataatcagtgctttatat-------atgatgatattttgcattttatatgctcttcacttcttatatgaatc-----atg----cacacatcaaact-------accagGTGGAGCATTGATGTTGGCTGGATAAGTACATGGGTAAAAGTTATCAATGAGTGGTTTGCAGCAACAATTTATA
                                                                      ||    |   |  ||||   |   || | ||||  ||       |||||| || |||||    |      | ||  | |   | ||| |||     ||     | ||| || | |        | |||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| |  || ||| 
gtaaggcatcctatatttctatgcagaaaagcaatggtctatacgatttgaactggagacatgcttattcgtcgctagcatgctacagagtg-ccatttcttttcatcagcgacatgatgttactttgccacctcatcattgtttgcgtacaagatgcatccaagaatatcctctcacgtccaccctttcataatcagGTGGAGCATAGATGTTGGATGGGTTAGTACATGGGTAAAGATCATCAATGAATGGTTTGCAGCTAGCATATATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcattttatatgctcttcacttcttatatgaatcatgcacacatcaaactaccagGTGGAGCATTGATGTTGGCTGGATAAGTACATGGGTAAAAGTTATCAATGAGTGGTTTGCAGCAACAATTTATA
                       ttatatgaat  TA-rich tract