Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgatgttttcaaaaccattttgaaactgtcacagttaaaatatctaactgattgctttattatagGTGTTGCATTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCCTACACTGGATCAAATGAGTTGGCTCAGCGTATAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41840.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41840.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv14s0060g01680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtatgtgatgtttt-caaaaccattttgaaactgtcacagttaaaatatctaactgattgctttattatagGTGTTGCATTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCCTACACTGGATCAAATGAGTTGGCTCAGCGTATAGAG
||||| |||| ||| | |||  |  || | |  || |  |  |   | |||   || ||   || ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||  |    || | | |||||
gtatg-gatgctttaccaaatgaaatttataaggttaatgcgagtgtttcttgatgtttttcttcttacagGGGTTGCATTTACCAAGCATTTGATTCATTTGTATGCTTATACTGGGTCAAATGAACTACGCCAACATTTAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaccattttgaaactgtcacagttaaaatatctaactgattgctttattatagGTGTTGCATTTACTAAACATTTGATTCACTTGTATGCCTACACTGGATCAAATGAGTTGGCTCAGCGTATAGAG
                                         ttgcttt  CT-rich tract
                      agttaaaatatctaa  TA-rich tract