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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtaaaaacttgttttatacgactcaacaccttcgtcatttgtacgaatcaaaagattgatgttattcaattattaacatttttttttgtttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTCAAATTATCTCAAATTGTGATGCTTCCAGAAAACCATTAAATCACCCGGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30460.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G30460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os11g03730.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
tgtaaaaacttgttttatacgactcaacaccttcgtcatttgtacgaatcaaaag-attga--tgttattc-aattattaacat--ttttttttgtttcatttt--agGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTCAAATTATCTCAAATTGTGATGCTTCCAGAAAACCATTAAATCACCCGGC
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--------ctccaatgataaggcacatgtttgacttgaattgtgtggagaacaactgttgaattctcattttaggtacatgcatgatattctcttatccattatacagGTAATTACCTCAAGTTTTATAATGCTATAAGGGAGGCCTATCCAGACATTCAAATGATTTCAAATTGTGATGCTTCATCAAGTCCACTTGACCATCCTGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208341397|gb|GE134137.1|GE134137
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193669033|gb|FK614055.1|FK614055
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACTTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193618949|gb|FK569363.1|FK569363
EST:     TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193652026|gb|FK597730.1|FK597730
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193471512|gb|FK436613.1|FK436613
EST:     TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208052506|gb|GD851341.1|GD851341
EST:     TTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208324410|gb|GE125711.1|GE125711
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193483807|gb|FK449326.1|FK449326
EST:     GTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATCGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATAT
genomic: GTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATT-ATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTAT-GAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATAT
EST: gi|193584136|gb|FK540284.1|FK540284
EST:     TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208253950|gb|GE055956.1|GE055956
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGCTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208292927|gb|GE094707.1|GE094707
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTT-AATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|207842537|gb|GD815929.1|GD815929
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193534142|gb|FK492993.1|FK492993
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208290144|gb|GE087122.1|GE087122
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193703286|gb|FK638262.1|FK638262
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193594010|gb|FK546252.1|FK546252
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|207812392|gb|GD785306.1|GD785306
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|208050776|gb|GD848925.1|GD848925
EST:     CAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: CAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
EST: gi|193423600|gb|FK387265.1|FK387265
EST:     TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAG                         GAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC
genomic: TGTTGCTGTTGGAAATGAAAATTGTTGGCAAACTTATTTTAATTATCAAGgtatgcattt ... ttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaatcaaaagattgatgttattcaattattaacatttttttttgtttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTCAAATTATCTCAAATTGTGATGCTTCCAGAAAACCATTAAATCACCCGGC
                          tattaac  putative branch site (score: 1)
                                catttttttttgtttc  CT-rich tract
              atgttattcaattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtaaaaacttgttttatacgactcaacaccttcgtcatttgtacgaatcaaaagattgatgttattcaattattaacatttttttttgtttcattttagGAAACTACCTTAAGTTCTATGAGGCTATAAAAGCTGCCTACCCAGATATTCAAATTATCTCAAATTGTGATGCTTCCAGAAAACCATTAAATCACCCGGC

- taaaaac
- - - - - - - - - - - - caacacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtt