Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttcctatcatatatgttttcaaataaaatgggaaaagagggtgagacaactttatttataacaatcatattaacttccttgaatcatgctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGCAGTGCTTCTTATTGCCAACCAGATCTCTTTGCCTCCGTCTGATTTAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G52160.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208105914|gb|GD903721.1|GD903721
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
EST: gi|193658763|gb|FK600796.1|FK600796
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATAT
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATAT
EST: gi|208306353|gb|GE104432.1|GE104432
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGACTACAAAGCAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGG-CTACAAAGCAGC
EST: gi|208259278|gb|GE053820.1|GE053820
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGC
EST: gi|19053108|gb|BM731775.1|BM731775
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
EST: gi|207845857|gb|GD819878.1|GD819878
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAA
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAA
EST: gi|207793675|gb|GD766743.1|GD766743
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCCGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
EST: gi|208062148|gb|GD855900.1|GD855900
EST:     TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAG                         TGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC
genomic: TTGTCCCAAGTTGTCGCTAGCTTTGGTGCTAACCGTGTTATGTGGGGCAGgtaacttcct ... gctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagacaactttatttataacaatcatattaacttccttgaatcatgctgtggaagTGATTTTCCATATGCTGCTGCTGAATGTGGCTACAAAGCAGCCAAAGAAGCAGTGCTTCTTATTGCCAACCAGATCTCTTTGCCTCCGTCTGATTTAGAG
                         tattaac  putative branch site (score: 1)
     aactttatttataaca  TA-rich tract