Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggttagaaattcgttaaccttgcgtttttctgaaagatattttatccaattgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATATTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT5G08380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
----ggttagaaattcgttaacc--ttgcgtttttctgaaagatatttta--tccaattgagatcattatattcat--tgaacatgtgaattca---------acaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATATTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAA-
     ||||  |  ||   ||     | |   |   | ||   | ||  |  |    |  ||     ||  |||||  |||    |||| ||            |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || || || || || |||||  |||||||  | || || 
gtactgttattatctcagcaagagactactactactttaagcttgttgcagattttgtgaaggatgataatttcatgatgagtgggtgactttgctgttggttgcagACCCGGATATGCTTGAAGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAGACGAGTACATAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAG

upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----------------------ggttagaaattcgttaaccttgcgtttttctgaa-------agatattttatccaattgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaa-caGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATATTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAA-
                          | | |||  | || || |   |||  || |       |||| | | ||    ||   | ||   | ||  |||    ||||  |  ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||  ||||||| || || ||||||||  |||||||  ||||||| 
gttagcattattcacctctaatcacaatatatttctgaaactagtaatttcatgcagacagatagatttgtgattttctttgaaacacccttttttttgtgtgtgtgcgtgaaaatagATCCTGACATGCTTGAGGTAGGAAATGGGGGAATGACTAATGATGAATACATAGTCCACTTCAGCATATGGGCTATTTCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208198385|gb|GD995476.1|GD995476
EST:     TGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: TGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAG-TGGGAAATGGAGG
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGG
EST: gi|207792174|gb|GD765508.1|GD765508
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAT
EST: gi|13312579|gb|BG406230.1|BG406230
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|193558294|gb|FK514903.1|FK514903
EST:     AAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: AAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208124534|gb|GD921516.1|GD921516
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208233662|gb|GE030913.1|GE030913
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA
EST: gi|9564293|gb|BE473802.1|BE473802
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGATGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagatattttatccaattgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATATTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAA
                      atcattatattcatt  TA-rich tract