1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tatttccttttccttttgttttctttgtttgggtaaaacctgtatttattttccagttatcatttgaagtgtttattgaccatagaattgcttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCTTGCAACATGAGCTTTTGCACTTTTAAACTACTTCTGTACGGTGATAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G01280.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|58017082|gb|CX703824.1|CX703824
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|58017402|gb|CX704144.1|CX704144
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTATATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|31464313|gb|CD406341.1|CD406341
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|192333775|gb|FK025498.1|FK025498
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|10255459|gb|BE823225.1|BE823225
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCEST: gi|192334677|gb|FK025224.1|FK025224
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
EST: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAG GTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
genomic: TGGTTGAATTCTTGGCTCTTAATCAAGCTGCCAGTTACATCACTGGGCAGgtcattaatt ... cttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACC
ttattttccagttatcatttgaagtgtttattgaccatagaattgcttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCTTGCAACATGAGCTTTTGCACTTTTAAACTACTTCTGTACGGTGATAGT
ttatcattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatttccttttccttttgttttctttgtttgggtaaaacctgtatttattttccagttatcatttgaagtgtttattgaccatagaattgcttgatgcagGTTTTCACCATTGATGGAGGTATGGTGATGTAAATTAGCAATCCTTTTACCTTGCAACATGAGCTTTTGCACTTTTAAACTACTTCTGTACGGTGATAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - - gtttggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -acctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaagtg