Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtattccttatctattatctagaatcattagtttcagaaatccatctgctttatggagttgaattgcgtaataaattggcaatgactattagagcctaaccactttttactaactcatatatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGTTCTTTTTTATTCCAGTACCATCTTTCGAAATGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G36950.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G36950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv18s0001g12560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
--------------------------ggtattccttatctattatctagaatcattagtttcagaaat-ccatctgctttatggagttgaattgcgtaataaa--ttggcaatgactattagagcctaaccactttttactaactcatatatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGTTCTTTTTTATTCCAGTACCATCTTTCGAAATGCT-
                          ||| |   | ||  ||  | | |     | ||| |   || |   |  ||   |     | | | ||| |   | |   |||||| ||  ||| |    | | |   || ||  | ||    ||||||||||| | ||||||||  | || ||| ||||||||||   |||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| |||  |  |||| 
gtactaattattgtttggaagttctaggtttcattcatgcatggtgtgg---tttgagtcttgaaagtattagatgtcatgatctgattatttgtggtctcagccttggcagtg-ttatgaatcacaatcttattgttttttaccttcatatcctgtagGTGGGAATTGGGTTACTTATTCTGCAACAGCTCAGTGGAATCAATGGTGTTCTATTCTATTCCACTACCATTTTTGAATCTGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151401778|gb|EV271591.1|EV271591
EST:     ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAAT                         GATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
genomic: ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAATggtattcctt ... atatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
EST: gi|21677651|gb|BQ630002.1|BQ630002
EST:     ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAAT                         GATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
genomic: ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAATggtattcctt ... atatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
EST: gi|4396935|gb|AI495932.1|AI495932
EST:     ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAAT                         GATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
genomic: ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAATggtattcctt ... atatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
EST: gi|19268732|gb|BM884988.1|BM884988
EST:     ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAAT                         GATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
genomic: ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAATggtattcctt ... atatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
EST: gi|4283382|gb|AI440649.1|AI440649
EST:     ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAAT                         GATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT
genomic: ACAGTTCGATTTGCAGACCTCAAACAAAGAAGATATTGGCTTCCCTTAATggtattcctt ... atatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattggcaatgactattagagcctaaccactttttactaactcatatatcctgtaGATTGGAATTGGACTGCTAATTTTGCAACAGCTTTCTGGAATTAATGGTGTTCTTTTTTATTCCAGTACCATCTTTCGAAATGCT
                                  tactaac  putative branch site (score: 0)
                              tttttactaa  TA-rich tract