Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttgcattttgattcttaactggttacttttgtttatttgtttttggtttgcagctttccttcatccattgttttatctatacatcctaactattacaagcttaaaattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGATATTCAATGTGTTTCTTCACTCAAGGATTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G39890.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19452333|gb|BM953743.1|BM953743
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
EST: gi|14259851|gb|BG882759.1|BG882759
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
EST: gi|51342518|gb|CO983503.1|CO983503
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
EST: gi|58017398|gb|CX704140.1|CX704140
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
EST: gi|58017203|gb|CX703945.1|CX703945
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
EST: gi|51342063|gb|CO983330.1|CO983330
EST:     TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAG                         AAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT
genomic: TTGGTAGTGATGGATGGAACCTTATGCGTGAAGGTGAAGCAGAGAAGCAGgttttgcatt ... aattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatccattgttttatctatacatcctaactattacaagcttaaaattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGATATTCAATGTGTTTCTTCACTCAAGGATTTG
                        tcctaac  putative branch site (score: 1)
       attgttttatctata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttgcattttgattcttaactggttacttttgtttatttgtttttggtttgcagctttccttcatccattgttttatctatacatcctaactattacaagcttaaaattgtgtagAAACAATATGCTGCTTTGGTGTGGATTTCTCGTCCTCTAAAGGATGAAGATATTCAATGTGTTTCTTCACTCAAGGATTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA