Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttattatgattattgattgcttagctattgaaacaatgactggccatatgtgtgtagCAACTAGTGGAGCTTCAAGAACTCTACAACTCCCAGCAACTTTTGACTGATGAATTGAGTGTTAAACTTGAAAAAACTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G40580.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G40580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv06s0004g03810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtatttattatgattattga------ttgcttagctattgaaacaa----tgactggccat-atgtgtg----------tagCAACTAGTGGAGCTTCAAGAACTCTACAACTCCCAGCAACTTTTGACTGATGAATTGAGTGTTAAACTTGAAAAAACTGAG
||   |   || | ||||||      || |   | |     ||  |    |||||   ||| || | ||           ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |  ||||| || | |||||||||||||||||||
gtgcgttcaatcaatattgaaagttctttccaggtttccataaagagctttgactaatcattatatttgggcttgtaatcagCAACTGGTGGAGCTTCAGGAACTTTACAACTCTCAACAACTTTTGACCGGAGAATTAAGCGATAAACTTGAAAAAACTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatgattattgattgcttagctattgaaacaatgactggccatatgtgtgtagCAACTAGTGGAGCTTCAAGAACTCTACAACTCCCAGCAACTTTTGACTGATGAATTGAGTGTTAAACTTGAAAAAACTGAG
        tattgat  putative branch site (score: 3)
      attattgatt  TA-rich tract