Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatgggaacaagatgaaaatgcagttatatatgtttgttgtcttgtctctattgtatggtgcaaaacttacattttctctttcttgataattcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGAAGTTATCATACTTTTGTCTGCCCCAATATTGCGATCACCAGATAACTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G11390.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193318685|gb|FK287201.1|FK287201
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|207753589|gb|GD722865.1|GD722865
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTCTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208268464|gb|GE067709.1|GE067709
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208266882|gb|GE060961.1|GE060961
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193364694|gb|FK330123.1|FK330123
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193326590|gb|FK291911.1|FK291911
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCA-TTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|207692075|gb|GD676064.1|GD676064
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208229744|gb|GE026081.1|GE026081
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208287312|gb|GE088322.1|GE088322
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208179328|gb|GD976565.1|GD976565
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193659510|gb|FK601207.1|FK601207
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|207809290|gb|GD782260.1|GD782260
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193636182|gb|FK581727.1|FK581727
EST:     CTGAACTAGTGGAGAGGCATCGTAGGGCTCGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTGAACTAGTGGAGAGGCATCGTAGGGCTCGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208111806|gb|GD913304.1|GD913304
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208177294|gb|GD976883.1|GD976883
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193721718|gb|FK658202.1|FK658202
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208186313|gb|GD984618.1|GD984618
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|207704560|gb|GD684171.1|GD684171
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208328306|gb|GE132096.1|GE132096
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193407844|gb|FK372380.1|FK372380
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ACGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208181035|gb|GD980130.1|GD980130
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208045138|gb|GD839700.1|GD839700
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208233265|gb|GE034016.1|GE034016
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193406718|gb|FK372233.1|FK372233
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|208086742|gb|GD884242.1|GD884242
EST:     CGGGCTTCTGTTGTACTTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTG
genomic: CGGGCTTCTG-TG-AC-TGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTG
EST: gi|207784249|gb|GD755102.1|GD755102
EST:     CTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193729268|gb|FK665222.1|FK665222
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|10238600|gb|BE807488.1|BE807488
EST:     CTGAACTAGTGGAGAGGCATCGTAGGGCTCGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CTGAACTAGTGGAGAGGCATCGTAGGGCTCGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
EST: gi|193354793|gb|FK320386.1|FK320386
EST:     CGGGCTTCTGTGACTGAAGAG                         ATTGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTG
genomic: CGGGCTTCTGTGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagA-TGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTG
EST: gi|208211805|gb|GE013552.1|GE013552
EST:     CGGGCTTCTGTTGACTGAAGAG                         ATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA
genomic: CGGGCTTCTG-TGACTGAAGAGgtatgcatct ... attcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctctattgtatggtgcaaaacttacattttctctttcttgataattcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGAAGTTATCATACTTTTGTCTGCCCCAATATTGCGATCACCAGATAACTGG
                                              ttcattc  CT-rich tract
                  aaaacttacatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatgggaacaagatgaaaatgcagttatatatgtttgttgtcttgtctctattgtatggtgcaaaacttacattttctctttcttgataattcattcagATGGTGGATGCATTTATGGCTATCAGACCACTTCCCCACATGTTTAGCTGAAGTTATCATACTTTTGTCTGCCCCAATATTGCGATCACCAGATAACTGG

- - - - - - - - - - tgcagtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgca