1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgtctatgcaatattatagtttatcatctactctgttactacttatgtattcacatgaattgggggaaaaataatggataaataacttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTTTGGGTGAGAACTATGATCATGAAGAGATGGAAAGGATGGTCTTGGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G09620.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGG GCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTEST: gi|57575171|gb|CX548146.1|CX548146
genomic: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGGgtatgtctat ... acttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
EST: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGG GCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTEST: gi|58021051|gb|CX707793.1|CX707793
genomic: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGGgtatgtctat ... acttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
EST: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGG GCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTEST: gi|58015154|gb|CX701896.1|CX701896
genomic: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGGgtatgtctat ... acttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
EST: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGG GCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTEST: gi|151397175|gb|EV267048.1|EV267048
genomic: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGGgtatgtctat ... acttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
EST: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGG GCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
genomic: AGCCCATAAGTGGTGATTATCCCAAAGGTCAAGAGAGCCTTGTCATGTGGgtatgtctat ... acttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGT
tacttatgtattcacatgaattgggggaaaaataatggataaataacttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTTTGGGTGAGAACTATGATCATGAAGAGATGGAAAGGATGGTCTTGGCAG
aaataac putative branch site (score: 2)
cttttgc CT-rich tract
aaaaataatggataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtctatgcaatattatagtttatcatctactctgttactacttatgtattcacatgaattgggggaaaaataatggataaataacttttgcagGCAAGTCCAATTCTAAATAGTGGAAAGGTGTTACAAATGTTAGATCCAAGTTTGGGTGAGAACTATGATCATGAAGAGATGGAAAGGATGGTCTTGGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG