1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tacaaggtgatctctgcaatatatatgtgctattgattcattatcacacttactatctattaatatgagattctgatggctggagttgtatcttttgcagCCCTTGTTATATGGAGGAGGTCAAACTCCCGCTGGAATGGCCATGATGCCTATGCTTTTGGCTGATGGACGGATTGGATATGTCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09530.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCTATGGTGCACTTGGTGCAGGATATGCTGCTCCAGGTCTTGCACAG CCCTTGTTATATGGAGGAGGTCAAACTCCCGCTGGAATGGCCATGATGCCT
genomic: GTGCCTATGGTGCACTTGGTGCAGGATATGCTGCTCCAGGTCTTGCACAGgtgacatttt ... tcttttgcagCCCTTGTTATATGGAGGAGGTCAAACTCCCGCTGGAATGGCCATGATGCCT
acacttactatctattaatatgagattctgatggctggagttgtatcttttgcagCCCTTGTTATATGGAGGAGGTCAAACTCCCGCTGGAATGGCCATGATGCCTATGCTTTTGGCTGATGGACGGATTGGATATGTCTT
tatctttt CT-rich tract
tactatctattaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacaaggtgatctctgcaatatatatgtgctattgattcattatcacacttactatctattaatatgagattctgatggctggagttgtatcttttgcagCCCTTGTTATATGGAGGAGGTCAAACTCCCGCTGGAATGGCCATGATGCCTATGCTTTTGGCTGATGGACGGATTGGATATGTCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - -ctctgca
- - - - - - - - - - - -tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatggc