Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtacaatatctctgaaaactatcatgcatgattttactttgtattttcaaaataacctgccttgttattcagGTATGCATTGATGGAGATGGGTTACGACTGTCCGGACCTTCCAATAGGAATGGTTACAAATCTTCATCTGAAAAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09390.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18040684|gb|BM308978.1|BM308978
EST:     CCTTTGGTTGCAAATTTTATGAAGGTCTTGTGCAGCCAGGAGATATATAA                         GTATGCATTGATGGAGATGGGTTACGACTGTCCGGACCTTCCAATAGGAAT
genomic: CCTTTGGTTGCAAATTTTATGAAGGTCTTGTGCAGCCAGGAGATATATAAgtgagtacaa ... tgttattcagGTATGCATTGATGGAGATGGGTTACGACTGTCCGGACCTTCCAATAGGAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actatcatgcatgattttactttgtattttcaaaataacctgccttgttattcagGTATGCATTGATGGAGATGGGTTACGACTGTCCGGACCTTCCAATAGGAATGGTTACAAATCTTCATCTGAAAAAAT
                                aaataac  putative branch site (score: 2)
                                      cctgcctt  CT-rich tract
          atgattttactttgta  TA-rich tract