Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatgatatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09250.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
tttctatgcatgaataga-catcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatg-atatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
    ||||| |   | |  ||      |  || |  | || | ||   | | | |  | |   |||  ||      |||  || ||| |   |||  | |||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||| | | || ||  |||| ||||| |||
---gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG

upper sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G058276_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
tttctatgcatgaatagacatctttttttttttt------caacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcact--ctaagtatgatatgtctacttttgt---tgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
    ||||  |   |  |||  | |  || |  |      | || |  ||  ||  |||  |||   |||| ||     | |||||  | ||  |  |||  |   |||||  | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| | | | || ||| ||||||| || |||
---gtatgtcttgttctacacttctacttatcatgcaggactactatgttccatctatgcatttcaaatttccataaattgagtatttt-tgctttttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTTGATGAGGCAGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTGTCCCAGACAGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGTTGG

upper sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaa-tgtttttttcatttgcactctaagtatgatatgtctacttttgt-----tgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
    ||||      |    |    || |  |||   || || |||    |  | |   ||||| ||   |  ||| |    | | | | |||||       |||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||| || ||||| | | | || ||| ||||||| || |||
---gtatgtcatgttttttactacttatcatttaggactaaattgttccatctatgcatttcaatttt-ccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG

upper sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT5G20890.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
-tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttg-cactctaagtatgatatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
 | || ||          |   |||       ||     |||||| | |   | | |  |||| |   || | |  |||||    ||    |||| |||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| | ||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |  || || |||||||||||||| |||
gtatccattttcactcccattacttgaaagacttcgtctaaactttattctgtttctaattcactaatcaatttttgtatgg---gttcttttttcttgcagTCACCATGTCCTAGATGAGGCTGAAAGATCACTCCATGATGCCTTATGTGTACTCTCTCAAACAGTGAATGATACTAGAGTTTTGCTTGGAGGTGGATGG

upper sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv18s0001g00480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagt-atgatatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
    ||| |  | |     | ||      |     | | |   |   ||  |  |    |   |  |||    | |  || |||   | |||| |||| | |||||   |||||  | |||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||| | || |||||||||||||| |||
aatatttgttaggaccttgaaactgaggctgccactcttattcactctggttctaaagctacatatttt----tttgggtgatgtgctatctattttt-tggcagCTTTCATGTGTTGGATGAGGCAGAAAGGTCTCTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTTTCTCAGACAGTGATTGACAGCCGAGTTTTGCTTGGAGGTGGTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016744|gb|CX703486.1|CX703486
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|254341171|gb|GR854899.1|GR854899
EST:     ATAG-TTTGAGA-GTGCTAG                         -CACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: ATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|254341476|gb|GR850689.1|GR850689
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|7587915|gb|AW703721.1|AW703721
EST:     GTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: GTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|192294950|gb|FG986669.1|FG986669
EST:     TGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|192323338|gb|FK015284.1|FK015284
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|58017055|gb|CX703797.1|CX703797
EST:     CTGGTG-TGNCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: CTGGTGTTG-CTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|15286013|gb|BI469904.1|BI469904
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|254341170|gb|GR854898.1|GR854898
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|37994606|gb|CF806288.1|CF806288
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|193328788|gb|FK293520.1|FK293520
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAG-TTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|24205204|gb|BU964457.1|BU964457
EST:     TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: gi|151395521|gb|EV265398.1|EV265398
EST:     ATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG                         CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: ATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatgatatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG
                                       tctactttt  CT-rich tract
     atgtttttttcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatgatatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - -gcatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcactct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg