Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttttaagtcatgctctccttactaatttggagttagatttcatgttggaagtctagtttatttttcatggtatgttatgggactagaagcacataattttaaagtaaaataccaaatatctgtttgtgatgaaatctattttccttgatttgaccattatgattatatagGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGGGATGACGGTCCAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07590.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23729846|gb|BU763027.1|BU763027
EST:     ATACAGACCTGCAGGTCAATG                         GTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTA
genomic: ATACAGACCTGCAGGTCAATGgtatgtttta ... gattatatagGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatctgtttgtgatgaaatctattttccttgatttgaccattatgattatatagGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGGGATGACGGTCCAATT
                                atttgac  putative branch site (score: 4)
                                        attatgattatata  TA-rich tract