1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gttgtcatctctcatatgaatcttttctatgcctcgatgaaaaaggtttaaaaatctgatctccctttttaataattttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATTGCAATAAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G25900.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|58016084|gb|CX702826.1|CX702826
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|5509442|gb|AI856000.1|AI856000
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG CACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAACCCGTGTCGAGAGTEST: gi|10255553|gb|BE823326.1|BE823326
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|57574924|gb|CX547899.1|CX547899
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|13789271|gb|BG651862.1|BG651862
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... ttttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
gcctcgatgaaaaaggtttaaaaatctgatctccctttttaataattttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATTGCAATAAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttttttgc putative PPT
tttttaataatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtcatctctcatatgaatcttttctatgcctcgatgaaaaaggtttaaaaatctgatctccctttttaataattttttgcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATTGCAATAAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG