Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgactatgaggatgatcaaaattgaatgcttctcaatgaagttgttcttaggatttgccttctccattcctaacacagaagtttttgtgttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGGTATGATGAATATGTACCAATGGTGGACAAAGCTGTTGATGCTGCCTGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12260.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G12260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT4G39170.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
atgactatgaggatgatcaaaattgaatgcttctcaatgaagttgttcttaggatttgccttctccattcctaa--cacagaagtttttgtgttctttgcagGCTAAGGTAG---TTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGGTATGATGAATATGTACCAATGGTGGACAAAGCTGTTGATGCTGCCTGGA---
                     ||   ||  ||    |    ||| ||  ||| ||      |      |  | |  |    ||||  || |    ||||||||| ||||| |    |||  |  |||| | ||| ||| ||      || || || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||   
-------------------gtatgatatattttcacactttgtt-tttatagaatacatgattcgtggttttgaatcgtccaagtgattat----tttgcagGCAAAGGTTGGTTCTGGTGAAACGAGTTTTGCCGGTAGT------TTTGCAGGTTATGATGAGTATGTTCCAATGGTTGACAAAGCTGTTGACGCCACCTGGAAGG

upper sequence: GLYMA11G12260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv03s0038g04470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
atgactatgaggatgatcaaaattgaatgcttctcaatgaa-gttgttcttaggatttgccttctccattcctaacacagaagtttttgtgttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGGTATGATGAATATGTACCAATGGTGGACAAAGCTGTTGATGCTGCCTGGA------
   | |  | | ||      | |  ||||  |   | |||| |  | ||  |   | |      | | |      || | |  | ||||       |||||||||||||||||||||||   ||||||||||      ||| ||| |  ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||      
-gtattgagggcatttcttgagtgcaatgtctaagattgaaagaagctcacattgtatagtagttacttattcttcaaatatttctttggtggaaatgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGGTAAGCTATGCTG------GTAGCTTCGGGGGGTATGATGAATATGTTCCCATGGTCGACAAAGCTGTTGATGCAGGTTGGAAGAAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13181204|gb|BG352544.1|BG352544
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|18040573|gb|BM308867.1|BM308867
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAAGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAACTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|208198503|gb|GD995538.1|GD995538
EST:     ACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: ACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|193510644|gb|FK467142.1|FK467142
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|11687620|gb|BF595296.1|BF595296
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|193332427|gb|FK301601.1|FK301601
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|6964407|gb|AW433100.1|AW433100
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCTAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
EST: gi|15813836|gb|BI786111.1|BI786111
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAANGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGG
EST: gi|298172194|gb|HO021786.1|HO021786
EST:     AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAA                         GCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG
genomic: AAGCGATGAAGAGCTACTCACACCTGAGGTTGACACCTGTTCGGGAGGAAgtgagtgttg ... ttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttaggatttgccttctccattcctaacacagaagtttttgtgttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGGTATGATGAATATGTACCAATGGTGGACAAAGCTGTTGATGCTGCCTGGA
                       tcctaac  putative branch site (score: 1)
                                     tttttgtgttcttt  putative PPT
                                  aagttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgactatgaggatgatcaaaattgaatgcttctcaatgaagttgttcttaggatttgccttctccattcctaacacagaagtttttgtgttctttgcagGCTAAGGTAGTTGGAAAGTCGAGCTATGCTGGTGGTGGTAACTTAGCTGGGTATGATGAATATGTACCAATGGTGGACAAAGCTGTTGATGCTGCCTGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - gaggatg
- - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgtg