Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcataatttaatctaattatattatgttacaagaaacatacagtggtttgctctcatatgaattgaatatctgctgctcatgtaaattatttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32850.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os12g40550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
------------------------------------------------gcataatt--taatct---aattatattatgttacaagaaacatacagtggtttgctc-tcatatgaattgaatatctgctg-ctcatgtaa---attatttaat-tgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
                                                 | |   |   |||||   ||  || |||| |     |   |  |   || | |  |  |    | |  ||  || |  ||  | | |  ||    || |||  | |||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||
gtcaagtactataggccccaacagggttttccacctacaaaccaaataccctggctggcaatctctgaaacatgttatttgctttgtgtctaattatgttctttttgtggggtaacatgtttaccaactaacacgtacaactgcttctttgttctgcagAATATCACCAATGGGTATGATCTTCATTCCATGTTACAAAG

upper sequence: GLYMA10G32850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv05s0020g04900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gcataatttaatct-aattatatta--tgttacaagaaacatacagtggtttgctctcatatgaattgaatatctgctgctcatgtaa-attat-ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
    ||| |  ||| ||  || | |  || |||   ||| |    |   || | | || ||       |||| |||||| || |||||  | || ||  ||||||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
----aatgtggtcttaaagatttcagatggtactgaaaatagtttgctcttggttttctta-actgcaaatagctgctgatcttgtaatgtcatattccttgcagAATATCTCCAATGGGTATGATATTCATTCCATGTTACAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193398343|gb|FK363481.1|FK363481
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|13790927|gb|BG653518.1|BG653518
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|213591946|gb|DB977346.1|DB977346
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|21675359|gb|BQ627710.1|BQ627710
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|193692910|gb|FK628491.1|FK628491
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|17963753|gb|BM270498.1|BM270498
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|6133980|gb|AW132430.1|AW132430
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTNTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|22931346|gb|BU548485.1|BU548485
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|23729550|gb|BU762868.1|BU762868
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|209728924|gb|BW654991.1|BW654991
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|13252792|gb|BG363695.1|BG363695
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|10255068|gb|BE822834.1|BE822834
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|19345779|gb|BM890659.1|BM890659
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|298164165|gb|HO013810.1|HO013810
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
EST: gi|192306704|gb|FG998858.1|FG998858
EST:     AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAG                         GTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
genomic: AGCAAGTTGATGATTAGTAGAGCCTATCATGATTCATTGTTTATGGCCAGgtaatctaga ... ttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgctctcatatgaattgaatatctgctgctcatgtaaattatttaattgcagGTTGTCTCCAATGGGCATGATTTTCATTCCATGTTACAAAG
                                           atttaat  putative branch site (score: 4)
                                tcatgtaaattattta  TA-rich tract