1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tctgtgtttctgccctcacatcacattattaattattgttctgttctaatattaacagtgtcataatatcacaaaattacgaaatgatatgtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAGACATTCAGAACAATCTTCCGCAACTGAGTTTTCAGAGCAATACATGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G03740.2 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|10254098|gb|BE821864.1|BE821864
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|11411574|gb|BF423585.1|BF423585
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|192322570|gb|FK014691.1|FK014691
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|22927402|gb|BU544541.1|BU544541
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|8825678|gb|BE209471.1|BE209471
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|22523475|gb|BU082286.1|BU082286
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|15001224|gb|BI322038.1|BI322038
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|209705614|gb|BW673583.1|BW673583
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|6454987|gb|AW185670.1|AW185670
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAEST: gi|12496411|gb|BG047051.1|BG047051
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATEST: gi|23064089|gb|BU578862.1|BU578862
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAAT
EST: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAG TTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
genomic: ATTACACTGCTTCAATTGTTATACTTGAAGAAACCAGCTGGTGCCTCAAGgtaaggatgg ... gtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAA
ctaatattaacagtgtcataatatcacaaaattacgaaatgatatgtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAGACATTCAGAACAATCTTCCGCAACTGAGTTTTCAGAGCAATACATGGA
tattaac putative branch site (score: 1)
ataatatcacaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctgtgtttctgccctcacatcacattattaattattgttctgttctaatattaacagtgtcataatatcacaaaattacgaaatgatatgtaatttcagTTACCTGGCGGGTTGTCACTGAATTTAGCGTGGTTGTCAAATTGTTGGGAAGACATTCAGAACAATCTTCCGCAACTGAGTTTTCAGAGCAATACATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - -gtttctg
- - - - - - ccctcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagtgtc