Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtatcatcatttaccataggaaacatttttatttacagtaagttaaatttgtataacatgcacacattgtaatgtttgctagGAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGATCTACTTGGTGTTCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G01660.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17153873|gb|BM143806.1|BM143806
EST:     CCTGATTCTGAAGAACAATTGGTTAAAGTTGCTGAAGATTTGGTTACCAA                         GAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGA
genomic: CCTGATTCTGAAGAACAATTGGTTAAAGTTGCTGAAGATTTGGTTACCAAgtttgtatca ... tgtttgctagGAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGA
EST: gi|6566820|gb|AW234452.1|AW234452
EST:     CCTGATTCTGAAGAACAATTGGTTAAAGTTGCTGAAGATTTGGTTACCAA                         GAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGA
genomic: CCTGATTCTGAAGAACAATTGGTTAAAGTTGCTGAAGATTTGGTTACCAAgtttgtatca ... tgtttgctagGAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatttacagtaagttaaatttgtataacatgcacacattgtaatgtttgctagGAACTTTGTAATTGCTGAGGAATATGTAAAGACACGGATTTCCCCAGAAGATCTACTTGGTGTTCTTC
                       gtataac  putative branch site (score: 3)
           taagttaaatttgtat  TA-rich tract