Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagaatttcattaaccttgtgtttttccgaaagatattttctccaattgagagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATACTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G40990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT5G08380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
-----gttagaatttcattaaccttgtgttttt-ccgaaagatattttctccaattgagagtcacgata--tccat--tgaacgtgtgaattca---------acagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATACTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAAG
     ||||  || |||  ||     |  |  | |   ||| |  || |     ||| ||   | ||||  | |||  |||  | |||| ||            |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || || |  || || |||||  |||||||  | || |||
gtactgttattatctcagcaagagactactactactttaagcttgttgcagattttgtgaaggatgataatttcatgatgagtgggtgactttgctgttggttgcagACCCGGATATGCTTGAAGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAGACGAGTACATAGTCCATTTCAGCATATGGGCAATCTCAAAG

upper sequence: GLYMA09G40990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
--------------------gttagaat---ttcattaaccttgtgttttt---ccgaaagatattttctccaattga---gagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaa-cagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATACTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAAG
                     | | |||   ||  | || || ||  |||    | || |||||  ||    | ||     ||  |||  | |   |||   |||||  |  ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||  ||||||| |  || ||||||||  |||||||  ||||||||
gttagcattattcacctctaatcacaatatatttctgaaactagtaatttcatgcagacagatagatttgtgattttctttgaaacacccttttttttgtgtgtgtgcgtgaaaatagATCCTGACATGCTTGAGGTAGGAAATGGGGGAATGACTAATGATGAATACATAGTCCACTTCAGCATATGGGCTATTTCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208322312|gb|GE121681.1|GE121681
EST:     AGACACGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATTGTACAAAAAATGAATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA-TG-ACAAAAAATGAATA
EST: gi|208312867|gb|GE111699.1|GE111699
EST:     ATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: ATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193327671|gb|FK295036.1|FK295036
EST:     AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193303351|gb|FK272573.1|FK272573
EST:     GAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: GAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|208090698|gb|GD889625.1|GD889625
EST:     AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAATGGAGGGATGACAA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAA-TGGAGGGATGACAA
EST: gi|208234165|gb|GE035560.1|GE035560
EST:     TGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGA-TATA
genomic: TGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193685282|gb|FK625770.1|FK625770
EST:     AGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatattttctccaattgagagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATACTGTTCACTTCAGTTTATGGGCCCTTTCCAAG
                                             aattcaa  TA-rich tract