Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttaactacgtctagttttatgtaaactggttgattaatgattgatgttagtagtcctggtttcttaatgtggaagtcttacatgcatgtttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCGTGGTGCTAAACTACACGGGCCAAAATTGCGCGCTCTATAACTTGACTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G09850.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G09850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0092g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
-----tttaactacgtcta-gttttatg-taaactggttgattaatgattgatgttagtagtcctggtttcttaatgtggaagtcttacatgcatgtttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCGTGGTGCTAAACTACACGGGCCAAAATTGCGCGCTCTATAACTTGACTGT
      ||   ||  |||| ||||||   | | ||  ||| ||  |  ||||  | | ||   | |  |||  | | || ||    |||||  || | |   |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  |||| || |||||||| ||  | |  || |   | |  | | ||| || 
tttaacttggatatttctatgttttacaatcagctttttgcttc-tccttgaactgaataaatcagaattccaagt-tgaaa----tacat-tatttgttgatgtagGTTATGATGATTATATGTCATTCCTTTGTGGCATCAATGGGTCAGCTCCTATGGTTCTGAACTACACTGGTGAGATGTGTGGAGTTTCCACCATGAATGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5175566|gb|AI759899.1|AI759899
EST:     TTNTGTGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTNTTGATTCTG                         GNTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGT
genomic: TTTTGTGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTTTTGATTCTGgtaagtcact ... ttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGT
EST: gi|8284547|gb|BE022115.1|BE022115
EST:     TTTTGTGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTTTTGATTCTG                         GTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCG
genomic: TTTTGTGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTTTTGATTCTGgtaagtcact ... ttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCG
EST: gi|193414339|gb|FK380965.1|FK380965
EST:     TGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTTTTGATTCTG                         GTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCG
genomic: TGAATGCAAGTGGAGCACTGAATCCGGGTTTGGTTTTTGATTCTGgtaagtcact ... ttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttagtagtcctggtttcttaatgtggaagtcttacatgcatgtttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCGTGGTGCTAAACTACACGGGCCAAAATTGCGCGCTCTATAACTTGACTGT
                              gtcttac  putative branch site (score: 3)
                                          tgtttcttt  putative PPT
               tttcttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttaactacgtctagttttatgtaaactggttgattaatgattgatgttagtagtcctggtttcttaatgtggaagtcttacatgcatgtttctttgtagGTTATGATGATTACATGTCATTTCTATGTGGAATCAACGGTTCAGCTCCCGTGGTGCTAAACTACACGGGCCAAAATTGCGCGCTCTATAACTTGACTGT

- - - - - - - - - - - - -actggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgca