Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcattacttgttctttcattttttttccaccttttactacttctattctctagttcactcagttacctcattttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCTCATTCTCGAAGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAGCTGCAGGAAGAATTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20770.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20770.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv09s0002g02440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----gtatgttcattacttgttctttcatttttt------ttccaccttt--tactacttctattctctagttcactcagttacctcattttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCTCATTCTCGAAGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAGCTGCAGGAAGAATTC
    | |  | || | |  |      |   ||||      ||     |||  | |||   | | |  |        || |||   |   ||||   ||||||  | ||||| ||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| ||| ||| ||| ||
gtatgcaattccaatccaagcctaagccagttttggagcattgggtttttggtgctaacccaacttacataaaatatcggttggtttgatttt-gtagGGAAGCTTGTGGAGTATGATGAGCCCTCAAATCTGATGGAAACCAACTCCTCTTTTTCAAAACTTGTAGCTGAATACTGGTCCAGTTGCTGGAGGAACTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31464274|gb|CD406302.1|CD406302
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|22928798|gb|BU545937.1|BU545937
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|21994391|gb|BQ785919.1|BQ785919
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|12496579|gb|BG047135.1|BG047135
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGATGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|16348727|gb|BI974322.1|BI974322
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGANGAGGCTTCAAGACTAATGGAG
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAG
EST: gi|16341698|gb|BI967293.1|BI967293
EST:     CAGGGTTCCACCTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|6483062|gb|AW202254.1|AW202254
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|51344886|gb|CO985619.1|CO985619
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|7691104|gb|AW759237.1|AW759237
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
EST: gi|20207790|gb|BQ133879.1|BQ133879
EST:     CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATG                         GGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT
genomic: CAGGGTTCCAACTGTAATAGATAGTGACATGGTCATGGTCCTCTCCTATGgtatgttcat ... ttttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccaccttttactacttctattctctagttcactcagttacctcattttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCTCATTCTCGAAGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAGCTGCAGGAAGAATTC
                                     ttacctcatttttt  CT-rich tract
                                          tcattttttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcattacttgttctttcattttttttccaccttttactacttctattctctagttcactcagttacctcattttttaaagGGAAATTGGTGGAATATGAGGAGCCTTCAAGACTAATGGAGACCAACTCCTCATTCTCGAAGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAGCTGCAGGAAGAATTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA