Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttactctggtattaatatttgtgctatatgttgataggttgacaataccgtatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
--------------------------------------gtgagtttactctggtattaatatttgtgctatatgttgataggttgac-aataccgtatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG
                                         | |||  |    |           | | | |  |  ||| |   || |||   ||   |     |  |  ||||||||||||||| || || || |||||||| || ||    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||
gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22525620|gb|BU084431.1|BU084431
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|7685552|gb|AW756200.1|AW756200
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGACGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|208125834|gb|GD922040.1|GD922040
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|193357862|gb|FK321058.1|FK321058
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTACTCAA
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTT-CTCAA
EST: gi|6567090|gb|AW234717.1|AW234717
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|10843935|gb|BF067288.1|BF067288
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|208187467|gb|GD985497.1|GD985497
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|23729914|gb|BU763063.1|BU763063
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|26048272|gb|CA784798.1|CA784798
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|254330580|gb|GR841845.1|GR841845
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|208139107|gb|GD938601.1|GD938601
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTG
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTG
EST: gi|16105598|gb|BI893338.1|BI893338
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|207809311|gb|GD782617.1|GD782617
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGA
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGA
EST: gi|26268738|gb|CA819801.1|CA819801
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|192327651|gb|FK020670.1|FK020670
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|58015032|gb|CX701774.1|CX701774
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|15203704|gb|BI426472.1|BI426472
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|15337393|gb|BI498049.1|BI498049
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|58016818|gb|CX703560.1|CX703560
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|22521741|gb|BU080552.1|BU080552
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
EST: gi|207746091|gb|GD717817.1|GD717817
EST:     GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACA                         AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC
genomic: GATATGAACCGGTCAATGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTGTATCAACAgtgagtttac ... tttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttgtgctatatgttgataggttgacaataccgtatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG
                     ggttgac  putative branch site (score: 4)
                                            cttttt  putative PPT
                                   tatttaaaactttttg  TA-rich tract