Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctttgtgtcttctcatcatatatatatgtgtgtgtgtggatagaaagatagatttctggagaatctaagtggagttggattagtgcagGTATTGGCCAACATATCCCCCCATTGATGTTAGACTTCCTCATGAATTGAATGTTTACCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G10180.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G10180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT5G46210.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
--gtaagctttgtgtct-tctcatcatatatatatgtgt--gtgtgtggatagaaagatagatttctggagaatctaagtggagttggattagtgcagGTATTGGCCAACATATCCCCCCATTGATGTTAGACTTCCTCATGAATTGAATGTTTACCAG
   |   |  ||| ||  | | |||    |||||  ||   |  || |||||  | || | || |   |    |  |  |   ||     || | |||||| |||||||||||||| || || |||||||  |||||||||||| | ||||| || |||
gtatgtacaatgtatcaattttatccaggatataactgctggaatgcggatatcatgacatatataaagcttgttaacttcccgtcta--taatacagGTACTGGCCAACATATCCGCCTATGGATGTTAAGCTTCCTCATGAACTAAATGTCTATCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtggatagaaagatagatttctggagaatctaagtggagttggattagtgcagGTATTGGCCAACATATCCCCCCATTGATGTTAGACTTCCTCATGAATTGAATGTTTACCAG
              atagattt  TA-rich tract