Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtgtattaaaaagcttgtgtttaatgaaaattgatccttacaaaatttgctatgattaaatttctgttttgcgtgcatgtacagAGAGATCAGATATTAGATCTCAGTTCAATTCAGTGCTCTATCAACTTCTATTGGATCCTAGTGAAAGAGTCTGTTTTGAGGCAATTTTGTGTGTACTAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03020.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G03020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
---------gttggtgtattaaaaagcttgtg----tttaa---tgaaaattgatccttacaaaatttgct--atgattaaatttctgttttgcgtgcatgtacagAGAGATCAGATATTAGATCTCAGTTCAATTCAGTGCTCTATCAACTTCTATTGGATCCTAGTGAAAGAGTCTGTTTTGAGGCAATTTTGTGTGTACTAGG
          ||| | |  |  | |  || ||    |||||   |   | || || | |   ||||||     ||| ||    |  || | |   ||  || ||||| ||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||
gtgagtgcgtttgattttatttatattttttgaaattttaaaatttttatttcattcctttgaaatttataggatggttggtatcttggtattgttgtgtggacagAAAGACCTGACATTAGATCTCAGTTCAACTCGGTGCTCTATCAACTTCTCCTTGATCCTAGTGAAAGAGTCTGTTTTGAGGCAATCTTATGTGTATTGGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgatccttacaaaatttgctatgattaaatttctgttttgcgtgcatgtacagAGAGATCAGATATTAGATCTCAGTTCAATTCAGTGCTCTATCAACTTCTATTGGATCCTAGTGAAAGAGTCTGTTTTGAGGCAATTTTGTGTGTACTAGG
     tccttac  putative branch site (score: 2)
            aaaatttgctatgatt  TA-rich tract