Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactgtggtgtggggttgtgaaactatcatggatttttggtgatcaaccttctctattatttttcacactttctaattgtatttcttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCATTGCTTATGGAATGGTGATGTCAAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08620.3
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298185323|gb|HO030536.1|HO030536
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|207682355|gb|GD665342.1|GD665342
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCTGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGATTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|254349304|gb|GR860102.1|GR860102
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|58024459|gb|CX711200.1|CX711200
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|254349303|gb|GR860101.1|GR860101
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|21887533|gb|BQ740746.1|BQ740746
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|5342731|gb|AI795015.1|AI795015
EST:     TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGCGTTTTTGGCTGCTCAT
genomic: TTGGCTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCAT
EST: gi|193648981|gb|FK599730.1|FK599730
EST:     CTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACNGGTTTCAGGCTGCACAG                         CCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTTGGCTGCTCA
genomic: CTTGGTCCTTACAATTGTTGTGATGAACTGGTTTCAGGCTGCACAGgtaactgtgg ... cttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGG-TTTTTGGCTGCTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgatcaaccttctctattatttttcacactttctaattgtatttcttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCATTGCTTATGGAATGGTGATGTCAAACAG
                               ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                          tttcttttgcc  putative PPT
                                  taattgtatttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaactgtggtgtggggttgtgaaactatcatggatttttggtgatcaaccttctctattatttttcacactttctaattgtatttcttttgccagCCGGCTCTTTTGTATATTGTACCTTCTGTAATTGGGTTTTTGGCTGCTCATTGCTTATGGAATGGTGATGTCAAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT